A filosofia pedagógica do Colégio São João Ilhabela é centrada numa visão humanística da educação favorecendo a formação de um cidadão sensível, autônomo, responsável, ecológico, crítico e criativo.

Atentos ao meio ambiente e social, o espaço físico do Colégio permite criar eventos que propiciem o desenvolvimento da criatividade, a seleção de informações, as apresentações de idéias e o desenvolvimento de projetos a serem concretizados em conteúdos do cotidiano.

Há uma constante atenção à estética que se reflete na preocupação com a sonoridade, limpeza e aos murais.O que se vê por todos os cantos da escola são detalhes interessantes, simples e criativos, muitas vezes ressaltando o encanto de um objeto reciclado. O aluno encontra-se frequentemente próximo às artes, ao belo, ao agradável. Nossa convivência baseia-se no respeito mútuo e envolve todos os que aqui estudam e trabalham.

O Colégio tornou-se um local de criação e um multiplicador de idéias. Em diferentes momentos durante o ano letivo é proporcionado ao educando a oportunidade de desenvolver suas aptidões,apresentando de maneiras diversas seu conhecimento através de expressões artísticas, esportivas científicas e literárias por meio de debates, seminários, saraus, teatros, feiras, olimpíadas, passeios entre tantas outras situações em que nossos alunos apresentam   resultados surpreedentes. Este fruto do trabalho da equipe se alcança também ao observarmos nos passeios e viagens realizados, a correta "postura de  estudante", um comportamento exemplar, a verdadeira educação que se é esperada por um grupo infantil e jovem e que sabemos ser tarefa árdua alcançar no mundo de hoje .

Após 10 anos de existência e muita dedicação de todos, podemos afirmar que a nossa filosofia se cumpre quando observamos os resultados obtidos no que diz respeito à formação integral de nossos estudantes .É também muito satisfatório para nós,observarmos que nosso aluno é feliz aqui mantendo com   alegria e satisfação o convívio educacional e social.

Quanto ao nosso sistema organizacional financeiro, como qualquer empresa, tem sua sobrevivência apoiada na rentabilidade, que é o que possibilita o aprimoramento constante dos serviços oferecidos em equipamentos, tecnologia e produção teórica, além de proporcionar melhores condições de trabalho, de vida e de aprimoramento profissional.